Органи Фармацеутске коморе Србије су: Скупштина коморе, Управни одбор, Надзорни одбор, Етички одбор, Комисија за посредовање, Директор коморе и Суд части.
Скупштина је највиши орган Коморе, који има 100 чланова. Број чланова Скупштине који се бирају у поједином огранку Коморе утврђује се на основу процента који се добија стављањем у однос укупно уписаних чланова у поједином огранку у односу на укупно уписаних чланова у Именку Коморе на дан доношења Одлуке о расписивању избора.
Састав Скупштине која је конституисана 9.5.2022. године: Огранак Београд - 36, Огранак Крагујевац - 25, Огранак Војводина - 21 , Огранак Ниш са КиМ - 18.
Делегате у Скупштини бирају редовни чланови Фармацеутске коморе Србије на изборима за Скупштину Коморе који се врше у складу са одлуком о расписивању избора. Мандат чланова Скупштине траје четири године.
Поред законом утврђених послова Скупштина Коморе, у оквиру својих надлежности обавља и послове који су уређени Статутом ФКС. Скупштина има свој Пословник о раду, којим су ближе утврђени начин и критеријуми за њен рад. Радом Скупштине руководи председник Скупштине.
На основу члана 13-15 Пословника о раду Скупштине Фармацеутске коморе Србије бр.44/1-7 од 06.06.2006. године и 127/3-5 од 04.11.2020. године, Скупштина Фармацеутске коморе Србије на седници одржаној у Београду дана 09.05.2022.г донела је једногласно Одлуку о верификацији мандата члановима Скупштине Фармацеутске коморе Србије изабраним на спроведеним изборима који су одржани 27.3.2022. године.
На основу члана 19 став 2 тачка 5 Закона о коморама здравствених радника (Сл.гласник РС, бр.107/2005, 99/2010, 70/2017-одлука УС) и члана 39. и 40. Статута Фармацеустке коморе Србије (Сл.гласник РС, бр.156/2020 и 27/2022), Скупштина Фармацеутске коморе Србије на седници одржаној у Београду дана 9.5.2022. године једногласно донела Одлуку да се за председника Скупштине Фармацеутске коморе Србије бира Иван Ефтовић, дипл. фарм. спец. из Београд, а за заменика председника Скупштине Љиљана Терзић, дипл. фарм. из Ужица
Председник Скупштине Коморе: ИВАН ЕФТОВИЋ из Београда
Заменик председника Скупштине Коморе: ЉИЉАНА ТЕРЗИЋ из Ужица
Изабрани чланови Скупштине Фармацеутске коморе Србије
