Организовање и спровођење апотекарске делатности, као интегралног дела система здравствене заштите у Републици Србији, обавља се у складу са законом којим се уређује здравствена заштита, здравствено осигурање, лекови и медицинска средства, као и Водичем добре апотекарске праксе (у даљем тексту: Водич ДАП). 

Новим Законом о здравственој заштити (у даљем тексту: Закон) који је ступио на снагу априла 2019. године унете су значајне новине у организовању апотекарске делатности, а промене се пре свега огледају у проширењу обима апотекарске делатности и улоге магистра фармације у систему здравствене заштите. 

Магистар фармације данас, поред снабдевања и издавања лекова и медицинских средства, има веома значајну улогу у спровођењу превентивних мера за очување, заштиту и унапређење здравља становништва, унапређивању фармакотерапијских мера и поступака у рационалној примени лекова и медицинских средстава, као и праћењу исхода терапије у циљу њене оптимизације и побошања исхода лечења. 

Магистар фармације у Републици Србији, у складу са Законом, је здравствених радник са завршеним одговарајућим интегрисаним академским студијама фармацеутске струке. 

Едукација будућих магистра фармације у Републици Србији одвија се у складу са Директивом Европске уније (ЕУ) 2005/36/ЕЦ (3) и траје најмање пет година, укључујуcћи најмање 9 семестра (4,5 године) теоријске и практичне обуке и 1 семестар (6 месеци) студентске стручне праксе у апотеци, и има 300 ЕСПБ бодова. Након завршених студија магистри фармације могу да усавршавају своја знања уписом на: докторске академске студије, специјалистичке академске студије и специјализације здравствених радника.

Магистар фармације може обављати здравствену делатност (самостално пружање здравствене заштите, без непосредног надзора другог здравственог радника) у здравственој установи, односно приватној пракси ако је поред обављеног стажа и положеног стручног испита, добио, односно обновио лиценцу. Издавање, обнављање и одузимање лиценце здравственим радницима јесте поступак који спроводи Фармацеутска комора Србије.  Лиценца се издаје, односно обнавља на период од 7 година, осим у случају магистра фармације преко 70 година старости, када се издаје, односно обнавља на период од годину дана. 
Магистри фармације обављају апотекарску делатност у складу са стручним стандардима, усвојеним водичима добре праксе, протоколима лечења и кодексом професионалне етике. За свој рад они преузимају стручну, етичку, казнену, материјалну и дисциплинску одговорност. Магистар фармације има право и дужност да у току рада стално прати развој фармацеутске науке, као и других одговарајућих наука, и да се стручно усавршава, ради одржавања и унапређивања квалитета свог рада. 
Етички кодекс фармацеута Србије је обавезујући за све чланове Фармацеутске коморе Србије. Овај кодекс промовише принципе професионалне етике ради успостављања етичког понашања чланова Коморе у обављању апотекарске делатности.
Опис послова магистра фармације дефинисан је Законом, а затим ближе уређен Водичем ДАП који доноси Фармацеутска комора Србије уз сагласност министра здравља. 

У складу са Законом апотекарска делатност обухвата:
1) снабдевање становништва, здравствених установа, приватне праксе и других правних лица лековима и медицинским средствима, у складу са законом;
2) спровођење превентивних мера за очување, заштиту и унапређење здравља становништва, односно промоцију здравља, превенцију болести и здравствено васпитање;
3) издавање лекова и медицинских средстава, уз давање савета о њиховом чувању, року употребе, примени, нежељеним реакцијама и интеракцијама, правилној употреби и одлагању;
4) унапређивање фармакотерапијских мера и поступака у рационалној примени лекова и медицинских средстава и пружање информација општој и стручној јавности о лековима и медицинским средствима, у складу са законом;
5) учешће у изради и спровођењу фармакотерапијских протокола;
6) пријављивање нежељених догађаја и нежељених реакција на лекове и медицинска средства, односно фалсификованих лекова и медицинских средстава, у складу са законом којим се уређују лекови и законом којим се уређују медицинска средства;
7) праћење исхода терапије, у циљу оптимизације терапије и побољшања исхода лечења, праћењем одређених параметара;
8) указивање на могуће интеракције лекова са другим лековима, храном и др., као и избегавање нежељеног терапијског дуплирања примене лекова;
9) израду и издавање магистралних, односно галенских лекова;
10) повлачење, односно повраћај лекова и медицинских средстава из промета на мало у складу са законом и смерницама добре праксе у дистрибуцији;
11) управљање фармацеутским отпадом, у складу са прописима којима се уређује управљање отпадом;
12) сарадњу са другим здравственим радницима у вези са применом лекова и медицинских средстава;
13) друге фармацеутске услуге и послове апотекарске делатности, у складу са законом.

У скалду са Законом апотеком руководи одговорни магистар фармације, или магистар фармације са одговарајућом специјализацијом, који је одговоран за стручност рада апотеке. 

Услуге које магистри фармације пружају у јавним апотекама и њихов садржај дефинисане су Правилником о номенклатури здравствених услуга на примарном нивоу здравствене заштите, на следећи начин:

1.    Издавање лека односно медицинског средства на рецепт, односно налог
2.    Превентивно саветовање о рационалној и правилној примени лека односно медицинског средства односно медицинско-техничког помагала
3.    Унапређење фармакотерапијских мера и поступака ради рационалне употребе и прописивања лека, медицинског средства и медицинско-техничког помагала
4.    Праћење и пријава нежељене реакције на лек
5.    Израда и издавање магистралног, односно галенског лека.

Према наведеном Правилнику дефинисане су само базичне фармацеутске услуге. Обзиром на ширину дефиниције апотекарске делатности, у Водичу ДАП прописани су стандарди и смернице за спровођење и других фармацеутских услуга као што је преглед употребе лекова и праћење одређених параметара ради оптимизације терапије. 

Уколико посматрамо магистра фармације у Републици Србији, у ширем контексту, његова важна улога препозната је у следећим сегментима:  

•    Доступност лекова: Фармацеути осигуравају да пацијенти имају приступ потребним лековима и правилно обавештавају пацијенте о правилној употреби лекова. То помаже у контроли болести и спречава компликације.
•    Саветовање и едукација: Фармацеути пружају савете и едукацију пацијентима о њиховим лековима, као и о начинима одржавања здравља и превенцији болести.
•    Фармацеутски мониторинг: Пратећи пацијенте током терапије, фармацеути могу да идентификују и реше потенцијалне проблеме, попут интеракција лекова или нежељених ефеката.
•    Истраживање и развој: Фармацеути играју кључну улогу у истраживању и развоју нових лекова и терапија, чиме доприносе напретку медицине.
•    Здравствена политика: Фармацеути могу да допринесу обликовању здравствене политике и смерница, пружајући стручно мишљење и информације о лековима.
•    Борба против пандемија: Током пандемија, фармацеути су кључни у дистрибуцији вакцина и лекова, као и у обуци здравствених радника за правилну примену.
•    Контрола инфекција: У болницама, фармацеути играју улогу у контроли инфекција кроз управљање антимикробном терапијом и праћење правилног руковања лековима.