Комора је основана у складу са Законом о коморама здравствених радника и Законом о здравственој заштити.

Директор Фармацеутске коморе Србије заступа и представља Комору, организује и руководи радом Коморе и одговоран је за законитост рада Коморе.
Комору представљају и председник Скупштине Коморе и председник Управног одбора Коморе.

Чланство у Комори обавезно је за све дипомиране фармацеуте/магистре фармације који као професију у Републици Србији обављају послове здравствене делатности у здравственим установама и приватној пракси.

Комора може имати почасне чланове - изабрана лица која су допринела раду и условима за остваривање интереса и циљева Коморе.

Органи Коморе су организовани тако да обезбеђују равноправну заступљеност свих огранака Коморе, а исто тако обезбеђују равноправно учешће у раду и одлучивању оних фармацеута који обављају професију у здравственим установама и приватној пракси.

Комору чине огранци Коморе као организационе јединице, и то: Огранак Београд, Огранак Војводина, Огранак Ниш са КиМ и Огранак Крагујевац.